作品以日本有名推理小说家江户川乱步的诸多名作为原案，将乱步的空想世界观与现代的舞台相联合。动画讲述在某所中学产生了教师被杀事件。就读于这所学校的少年小林，与前来搜查事件的天才侦察明智相遇。对付只搜查异常犯法的明智感兴致的小林，掉臂朋友羽柴的阻挡，自愿成为其“助手”。在接连产生的奇异事件当中，小林很快和明智展开了观察。