乌黑的夜晚，一名特务悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与特务展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（平地南 配音）和同伴们分开东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆外形，身上的手机也破损无法运用。柯南等人允许要帮她恢复记忆，当他们众说纷纭之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处进程中，女子特殊的身手和奇特的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份发作怀疑。 　　刚刚还一派祥和的水族馆，沉溺在快乐之中的人们，基本会想到随着那名微妙女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的屠戮和混乱之中…